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SNP分型检测


       单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP),主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。SNP所表现的多态性涉及的碱基变异可由单个碱基的转换(transition)或颠换(transversion)组成,也可由碱基的插入或缺失构成。它是人类可遗传的变异中最常见的一种。占所有已知多态性的90%以上。SNP在人类基因组中广泛存在,平均每500~1000个碱基对中就有1个,估计其总数可达300万个甚至更多。


       结合荧光探针的等位基因特异性PCR技术平台:由于PCR过程中引物延伸是3'端开始的,所以3'末端的碱基对引物的延伸来说处于至关重要的位置。如果这个碱基与模板互补,则引物能不间断延伸,PCR可以正常进行,得到特定长度扩增产物,反之则无法延伸,PCR不能正常进行。在PCR扩增时另外加入一个特异性的荧光探针,该探针只与特定模板特异性地结合,其结合位点在两条引物之间。探针的5′端标记有荧光报告基团(Reporter, R),如FAM、VIC等,3′端标记有荧光淬灭基团(Quencher, Q),如TAMRA、BHQ1等。当探针完整的时候,5′端报告基团经仪器光源激发的荧光正好被近距离的3′端荧光基团淬灭,仪器检测不到5′端报告基团所激发的荧光信号(就是说5’荧光基团的发射波长正好是3’ 荧光基团的吸收波长,因而能量被吸收传递到3’荧光基团而发出其它荧光)。随着PCR的进行,Taq酶在链延伸过程中遇到与模板结合的探针,其5′-3′外切酶活性(此活性是双链特异性的,游离的单链探针不受影响)就会将切割探针,释放5′端报告基团游离于反应体系中,远离3′端荧光淬灭基团的屏蔽,5′端报告基团受激发所发射的荧光信号就可以被探头检测到。也就是说每扩增一条DNA链,就有一个荧光分子形成,实现了荧光信号的累积与PCR产物形成完全同步,提示PCR反应是否正常进行。

 

技术优势:满足大样本量的检测需求
仪器支持:ABI7500、Roche 480、ABI stepone

 

服务说明
1、客户提供样本
        (1) DNA样品:待检测DNA样品浓度要相对均一,DNA样品浓度在10~100 ng/µl之间,纯度用紫外分光光度计监测,OD260/OD280应在1.7-2.0之间,体积>20 μl,用双蒸水或者TE缓冲液溶解,不含PCR抑制剂。务必注明样品的准确浓度。我们将对样品质量进行检测同时做预实验,根据结果及时告知客户并共同决定是否进入正式实验。
       (2)血液样本:血液样本用EDTA抗凝剂的真空管采集或枸椽酸钠抗凝,采集后放入-20℃保存(最好-80℃保存),体积大于1ml。
2、客户提供资料
    详细的SNP检测位点及上下游各300个碱基的基因组DNA模板序列(非CDNA序列),并注明在此范围之内所有其它SNP位点。
3、我方提供资料
       (1) SNP统计结果;
       (2) 实验过程及其涉及的电泳图、PCR图谱;
       (3) 扩增和反应体系所设计的引物序列;
       (4) 客户所需的其他资料。